Aún cuando Malasia recién se incorporó al calendario de F-1 en 1999, se han llevado a cabo carreras sancionadas por la FIA en Malasia desde la década del 60. Las carreras inicialmente se realizaban en Singapur que en ese momento era parte de la Federación Malaya, luego se llevaron a cabo en el circuito Shah Alam.
El Gran Premio de Malasia, tal como lo conocemos en la actualidad, siempre se celebró en el nuevo Circuito Internacional de Sepang, una pista que ofrece una buena porción del condimento que debe tener una carrera. La mayoría de las actuaciones se vieron afectadas mayormente por el clima; un día soleado cálido y húmedo seguido rápidamente de tormentas tropicales torrenciales.
El primer evento en 1999 marcó el retorno a las carreras de Michael Schumacher, quien se había roto las piernas en el Gran Premio de Gran Bretaña al comienzo de la temporada. Mostró su capacidad ubicando su Ferrari en la pole position y terminando la carrera en segundo lugar -la carrera fue ganada por su compañero de equipo Eddie Irvine, una victoria que iba a ser una de sus últimas en la F-1.
En 2001 durante la carrera se desató una tormenta torrencial -las dos Ferraris de Schumacher y Rubens Barrichello derraparon en la misma curva, pero tal era la velocidad de los dos que hicieron el 1-2 para el equipo.
En 2008 la administración de Sepang anunció su deseo de convertirse en una carrera nocturna en 2009, pero los planes se archivaron y la carrera se movió a un horario de largada al finalizar la tarde. Sin embargo, la lluvia forzó que la carrera tuviese que detenerse en la vuelta 33. A pesar de que la lluvia cesó, la carrera no podía volver a largarse ya que estaba demasiado oscuro. El director de la Asociación de Pilotos de Grandes Premios (GPDA), Mark Webber, declaró: "Ya está oscuro a las siete en punto, entonces fue la decisión correcta no volver a largar".
La carrera se cerró conforme a las posiciones al finalizar la vuelta 31 y ya que no se había completado el 75% de la carrera sólo se adjudicaron la mitad de los puntos a los ocho primeros. En 2010 la carrera largó una hora antes para evitar el mismo problema.